染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)的原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。

　　這項技術(shù)通過蛋白質(zhì)與DNA互作來分析目標基因活性以及已知蛋白質(zhì)的靶基因，被廣泛應用于體內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與靶基因啟動子上特異核苷酸序列結(jié)合方面的研究。該技術(shù)常與DNA芯片和分子克隆技術(shù)相結(jié)合。

　　染色體免疫共沉淀是基于體內(nèi)分析發(fā)展起來的方法，也稱結(jié)合位點分析法，在過去十年已經(jīng)成為表觀遺傳信息研究的主要方法。這項技術(shù)幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現(xiàn)何種組蛋白修飾。ChIP不僅可以檢測體內(nèi)反式因子與DNA的動態(tài)作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關(guān)系。近年來，這種技術(shù)得到不斷的發(fā)展和完善。采用結(jié)合微陣列技術(shù)在染色體基因表達調(diào)控區(qū)域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及中樞神經(jīng)系統(tǒng)紊亂等疾病的主要通路的一種非常有效的工具。

　　染色質(zhì)免疫共沉淀的原理介紹：

　　一、檢測目標基因活性

　　在保持組蛋白和DNA聯(lián)合的同時，染色質(zhì)被切成很小的片斷，通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體，將目標片段（組蛋白發(fā)生特異標記的片段）沉淀下來。ChIP是利用抗原和抗體的特異性結(jié)合以及細菌蛋白質(zhì)的“proteinA”特異性地結(jié)合到免疫球蛋白的Fc片段的現(xiàn)象合用開發(fā)出來的方法（免疫磁珠結(jié)合proteinA，proteinA結(jié)合抗體Fc段，抗體結(jié)合抗原即發(fā)生特異標記的組蛋白，這里要注意組蛋白是和DNA結(jié)合的，這樣就把目標組蛋白和DNA的復合體沉淀下來了）。再將組蛋白與DNA分離，用獲得的DNA去做PCR分析和序列測定等檢測技術(shù)，從而進一步檢測哪些基因的組蛋白發(fā)生了修飾。

　　二、檢測已知蛋白的靶基因

　　在生理狀態(tài)下把細胞內(nèi)的蛋白質(zhì)和DNA交聯(lián)在一起，超聲波將其打碎為一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過所要研究的目的蛋白質(zhì)特異性抗體沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而明確蛋白與哪些基因相互作用。