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New Phytologist(IF=8.1) ▏DAP-seq助力揭示雜交楓香再生調控新機制

更新時間:2025-08-22   點擊次數(shù):375次

2025年6月,北京林業(yè)大學張金鳳團隊在《New Phytologist》(IF=8.1)上發(fā)表了一篇題目為“BZR2-GRF5 acts as a hub module in regulating in vitro regeneration through brassinosteroid–auxin crosstalk in hybrid sweetgum"的研究論文,本文借助DAP-seq技術,揭示了BZR2-GRF5轉錄調控模塊通過組織特異性調控生長素外排基因LsfWAG2,介導油菜素內酯(BR)與生長素(IAA)信號互作,雙向調控體細胞胚胎發(fā)生(SE)與器官再生的分子機制,為木本植物再生機制研究與遺傳改良提供了全新視角。

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研究背景

本植物離體再生是種質資源擴繁、保存及遺傳改良的關鍵技術,主要通過體細胞胚胎發(fā)生(SE)和器官發(fā)生兩條途徑實現(xiàn)。楓香是重要林木資源,雜交楓香因生長快、木材密度高,具有顯著優(yōu)勢,但其再生體系存在愈傷誘導率低、芽再生效率低等問題。油菜素內酯(BR)與生長素是調控植物再生的關鍵激素,BZR轉錄因子通過靶向生長素信號組分(如PIN, ARF)影響激素合成與運輸。此前研究發(fā)現(xiàn)外源epiBR需與生長素聯(lián)用才能誘導雜交楓香SE,提示BZR基因可能是再生通路的關鍵調控因子,但其作用機制尚不清楚。

技術路線

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研究結果

本研究利用Hidden Markov 模型從雜交楓香基因組中鑒定出8個BZR家族基因,組織特異性表達譜顯示LsfBZR1/2在胚性愈傷組織(EC)及胚胎發(fā)生階段特異性高表達。通過酵母雙雜交(Y2H)、熒光素酶互補成像(LCI)、蛋白Pull-down、亞細胞定位多種實驗,證實LsfBZR2與生長調節(jié)因子LsfGRF2/3/5存在直接蛋白互作,且發(fā)生在細胞核內。其中LsfGRF5互作效應最為顯著。GRF家族是植物生長發(fā)育的關鍵轉錄因子,提示LsfBZR1/2可能通過與GRF蛋白互作調控再生。

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圖1 雜交楓香中LsfBZR1/2的表達模式及序列分析。

為了進一步驗證BZR2-GRF5模塊功能,構建了LsfBZR2及LsfGRF5過表達株系。表型分析表明,LsfBZR2-OE、LsfGRF5-OE株系均表現(xiàn)為鮮重增加;體細胞胚胎數(shù)量減少,且異常胚胎比例顯著升高;再生芽生長速率加快且形成密集芽簇。qRT-PCR顯示過表達株系基因表達顯著上調,且植株表型正常,證實該模塊對器官發(fā)生有正向調控作用。

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圖2 過表達LsfBZR2促進雜交楓香愈傷組織增殖并抑制其胚胎發(fā)生能力。

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圖3 過表達LsfBZR2正向調控雜交楓香離體器官發(fā)生中的芽再生。

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圖4 LsfBZR2與雜交楓香中的LsfGRF2、LsfGRF3和LsfGRF5發(fā)生互作。

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圖5 LsfGRF5增強雜交楓香的愈傷組織增殖能力,同時抑制體細胞胚胎的形成。

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圖6 過表達LsfGRF5促進雜交楓香的芽再生。

為了鑒定LsfBZR2調控的下游基因,作者采用DNA親和純化測序(DAP-seq)技術來識別該轉錄因子結合的基因組DNA元件。結果顯示LsfBZR2在36,582個基因組位點高度富集,涵蓋8,454個基因。其中12.2%位于啟動子區(qū)域,核心結合基序為‘CACGTG’。GO富集結果表明,與LsfBZR2蛋白結合位點相關的基因主要富集在鋅離子穩(wěn)態(tài)維持、分生組織發(fā)育、表觀遺傳學、減數(shù)分裂、乙醛酸循環(huán)和脫落酸代謝途徑。與RNA-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析篩選出457個受LsfBZR2調控的差異基因,其中生長素外排載體基因LsfWAG2(Lsf07G005650)被確認為直接靶基因。qRT-PCR與LC-MS/MS結果顯示,在SE途徑中,LsfBZR2過表達抑制LsfWAG2表達,導致IAA積累,促進愈傷增殖;在器官發(fā)生途徑中,LsfBZR2激活LsfWAG2表達,加速生長素外排使IAA水平降低,從而促進芽原基形成。酵母單雜交(Y1H)與雙熒光素酶報告實驗(DLR)證實,LsfBZR2直接結合啟動子區(qū)并調控其轉錄活性。

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圖7 雜交楓香中LsfBZR2可結合LsfWAG2基因啟動子以調控生長素運輸。

本研究建立了雜交楓香中BR-生長素信號互作的分子調控模型:BZR2-GRF5模塊通過差異化調控LsfWAG2表達,在SE中維持高生長素環(huán)境促進愈傷增殖,在器官發(fā)生中降低生長素水平以加速芽再生,形成組織特異性的雙向調控機制。這一發(fā)現(xiàn)為木本植物再生效率的遺傳改良提供了新靶點,并揭示了BR-生長素互作在組織特異性發(fā)育中的精準調控機制。

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圖8 LsfBZR2-LsfGRF5模塊介導生長素信號調控雜交楓香植株體外再生的工作模型。


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