帶電粒子在單位時間內(nèi)移動的距離稱為電泳遷移率。溶液中帶電粒子在電場(E)中向著與它相異電荷的電極移動，它的移動速度(V)是電場(E)和粒子的有效遷移率(m)的乘積，即：V＝mE

　　離子的有效遷移率是一個由許多因素(包括離子半徑、溶劑化作用、介電常數(shù)、溶劑粘度、離子形狀和電荷、pH、解離度和溫度等)決定的物化系數(shù)。不同有效遷移率的粒子有不同的移動速度，因而可以彼此分離。

　　一般情況下電泳中蛋白質(zhì)分子量對數(shù)與遷移率呈線性關(guān)系具體由凝膠的情況決定線性的范圍也是一定的。

　　DNA分子大小遷移速率V與logN成反比（N為堿基對數(shù)目）。分子越大，摩擦阻力越大，同時大分子通過凝膠孔徑的效率也低于較小的分子，所以分子大的遷移慢。等量的空間結(jié)構(gòu)，緊密的電泳快（超螺旋>線性DNA）一般來說，分子帶的電荷量越大、直徑越小、形狀越接近球形，則其電泳遷移速度越快。

　　簡言之，濃度越大，分子孔徑就越小，DNA遷移速率就越低，反之，遷移速率就大。另外，濃度也跟凝膠的分辨率有關(guān)，濃度越大，分辨率越高，但分離的ＤＮＡ片段就越小。

　　一般遷移速率超螺旋環(huán)狀>線狀DNA>單鏈開環(huán)。

　　低電壓時，線狀DNA片段的遷移速率與所加電壓成正比。使分辨效果好，凝膠上所加電壓不應(yīng)超過5-8V/cm

　　包括標(biāo)準(zhǔn)瓊脂糖和低熔點瓊脂糖以及正在研制的介于二者之間的瓊脂糖。其分辨率等各有不同。

　　研究結(jié)果表明：在低濃度、低電壓下，分離效果較好。在低電壓條件下，線性DNA分子的電泳遷移率與所用的電壓呈正比。但是，在電場強(qiáng)度增加時，較大的DNA片段遷移率的增加相對較小。因此隨著電壓的增高，電泳分辨率反而下降，為了獲得電泳分離DNA片段的最大分辨率，電場強(qiáng)度不宜高于15V/cm。一般在5-10v之間。電泳系統(tǒng)的溫度對于DNA在瓊脂糖凝膠中的電泳行為沒有顯著的影響。通常在室溫下進(jìn)行電泳，只有當(dāng)凝膠濃度低于0.5%時，為增加凝膠硬度，可在4℃，進(jìn)行電泳。